Kapitel 03 – „Klingen kreuzen sich in den Schatten der Dämmerung“
[Ц] – εуλ 0001/2/30
3:30 AM – Junon Harbour
Das dritte Kapitel wurde am 02. November 2004 veröffentlicht. Die Handlung knüpft unmittelbar an das Ende des zweiten Kapitels an.
Avalanche-Truppen haben die Mako-Kanone („Sister Ray“) in Junon besetzt. Sie drohen Midgar zu zerstören und hoffen, auf diese Weise ein klares Zeichen gegen ShinRa zu setzen. Reno soll mit einem Trupp ShinRa-Soldaten die Kanone zurückerobern.
Eine große Anzahl von Avalanche-Kämpfern blockiert die Straße zur Kanone. Zahlenmäßig sind sie dem ShinRa-Trupp weit überlegen. Trotz der aussichtslosen Lage befiehlt Reno den Angriff; kann die Kanone nicht rechtzeitig zurückerobert werden, würde dies den Untergang ShinRas bedeuten.
Währenddessen befindet sich der Held, wie ihm gegen Ende von Kapitel 2 befohlen wurde, in einem geheimen Untergrundweg, der zum Reaktor führt. Von dort aus erbittet er weitere Anweisungen. Tseng klärt den Spieler über die gegenwärtige Lage auf. Der Präsident ist schwert verletzt, wird aber durchkommen. Zur Zeit ist Verd bei ihm, der extra aus Midgar eingeflogen wurde. Da alle Sicherheitssysteme maximiert wurden, kann Avalanche die Kanone momentan nicht benutzen. Dennoch geht weiterhin eine große Gefahr von der Kanone aus. Der Held soll durch die Untergrundpassage in den Kontrollraum der Kanone vordringen und eine Zündung um jeden Preis verhindern. Der Held macht sich auf den Weg.
Auf halbem Weg hört er Schreie. Avalanche-Männer werden von ShinRa-Sicherheitsrobotern zerfetzt. Plötzlich bemerken sie den Helden und greifen ihn an, obwohl er zur ShinRa gehört. Bestürzt bekämpft er die scheinbar verrück gewordenen Roboter. Ein Anruf von Tseng liefert die Erklärung: Auf der höchsten Sicherheitsstufe greifen diese Roboter alles und jeden ohne Rücksicht an. Das bedeutet, dass man es nicht nur mit Avalanche zu tun bekommt sondern auch mit dem gefährlichsten automatischen Verteidigungssystem, dass in der Welt exisitiert. Tolle Aussichten! Der Held bahnt sich seinen Weg durch die unterirdischen Tunnel, immer wieder wird er von Gegnern attackiert, bis er schließlich er einen kleinen Raum erreicht.
Dort findet er die Leichen von einigen Avalanche-Kämpfern, die auf bestialische Weise getötet wurden. Vorsichtig wagt sich der Spieler vorran, kann aber die Person, die für die Toten verantwortlich ist, nicht entdecken. Plötzlich ruft Tseng an und gratuliert zur bestandenen Mission – die Zündungssequenz für die Kanone wurde gestoppt. Verwirrt nimmt Tseng zur Kenntnis, was der Spieler zu berichten hat. In dem Fall kann nur einer hinter den Toten stecken, nämlich die gleiche Person, die die Zündung verhindert hat. Und dies muss Sephiroth gewesen sein. Plötzlich wird der Spieler von einer mysteriösen Frau attackiert. Sie sagt sie gehöre zu Avalanche und wolle die Toten rächen. Der Spieler hat keine Chance gegen sie, da alle Attacken wirkungslos sind. Doch bevor sie ihn töten kann, sucht er sein Heil in der Flucht. Vergeblich, er landet in einer Sackgasse. Die Frau verfolgt ihn, sie weiß, er hat keine Chance.
Dann taucht Sephiroth auf. Er will die Frau mit einem Schlag vernichten, doch sie kann seinen Angriff mit viel Mühe blocken. Sephiroth ist beeindruckt und fragt nach ihrem Namen. Sie ist Elfe, die Anführerin von Avalanche. Sephiroth lässt sie schließlich gehen. Dem Spieler sagt er noch, dass er große Stärke von ihr ausgehen fühlt. Dann verschwindet auch er. Später im Hauptquartier werden die Turks von ihrem Chef Verd belobigt. Sie haben gute Arbeit geleistet, indem sie den Präsidenten bis zum Eintreffen Sephiroths beschützt haben.
Einige Tage darauf im Hauptquartier der Turks. Nach den letzten Ereignissen ist die ShinRa-Führung davon überzeugt, dass sie härter gegen Avalanche vorgehen muss. Die Elite-Truppe SOLDAT soll zum Einsatz kommen. Die Aufgabe der Turks ist es nun, nach weiteren Kandidaten für SOLDAT Ausschau zu halten und ggf. anzuwerben. Dies sollen zwei erfahrenere Turks erledigen – Reno und Rude. Die beiden sind alles andere als begeistert davon, dass sie zusammenarbeiten müssen, doch sie haben keine Wahl. Sie wählen den Spieler als dritten Teilnehmer dieser Mission.